NATURA 2000 jest obecnie najbardziej kompleksową i najlepiej legislacyjnie i politycznie przygotowaną europejską siecią ekologiczną, mającą na celu zapewnienie ekosystemom trwałej egzystencji. Tworzą ją obszary o znaczeniu międzynarodowym projektowane do objęcia ochroną prawną.
W zasięgu działania RDLP w Pile wyznaczono:
OBSZARY SPECJALNEJ OCHRONY – OSO
    1. Dolina Środkowej Noteci i Kanału Bydgoskiego PLB300001
    2. Nadnoteckie Łęgi PLB300003
SPECJALNE OBSZARY OCHRONY – SOO
    1. Dolina Noteci PLH300011
    2. Bagno Chlebowo PLH300001
    3. Jezioro Kubek PLH300007
    4. Jezioro Wielki Bytyń PLH320020